SnapGene mac版是一款功能非常強(qiáng)大的分子生物學(xué)軟件,它模擬了Clontech的In-Fusion克隆技術(shù),只需選擇您想要融合的DNA片段,即可設(shè)計(jì)引物,是創(chuàng)建無(wú)縫基因融合的一種非常通用的方法,該軟件還簡(jiǎn)化了吉布森裝配反應(yīng)的計(jì)劃,并自動(dòng)化了底漆設(shè)計(jì),通過(guò)PCR擴(kuò)增待連接的DNA片段以產(chǎn)生重疊末端,同時(shí)還能夠非常直觀的注釋分析和DNA圖譜,用于創(chuàng)建和共享豐富的注釋文件,幫助我們準(zhǔn)確清晰地為分子生物學(xué)繪制相關(guān)圖形。
除此之外,SnapGene軟件還可以方便教師和專(zhuān)門(mén)的學(xué)生來(lái)分析酶切位點(diǎn)、標(biāo)簽、啟動(dòng)子、終止子和復(fù)制子等質(zhì)粒元件,并且還可以將數(shù)據(jù)導(dǎo)出為與設(shè)計(jì)用于DNA序列的其他流行軟件解決方案兼容的文件格式,甚至還提供了計(jì)劃,可視化和記錄DNA克隆和PCR的最快和最簡(jiǎn)單的方法,用戶(hù)可以輕松注釋功能并設(shè)計(jì)引物,這種分子生物學(xué)工具可以生成詳細(xì)的 DNA 序列文件,并與同事共享,有需要的朋友歡迎前來(lái)下載。
功能介紹
一、想象
1、DNA可視化
查看DNA序列的多個(gè)視圖。
地圖 · 序列 · 酶 · 特征 · 引物 · 歷史
自定義酶位點(diǎn),特征,引物,ORF,DNA顏色等的顯示。地圖可以是圓形或線(xiàn)性格式。
2、大序列支持
瀏覽染色體大小序列。
查看 · 搜索 · 縮放
利用SnapGene的高效數(shù)據(jù)處理功能,掃描具有數(shù)千種注釋功能的大型DNA序列。
3、蛋白質(zhì)可視化
查看蛋白質(zhì)序列的多個(gè)視圖。
地圖 · 序列 · 屬性 · 特征 · 歷史
自定義區(qū)域,站點(diǎn),鍵和序列顏色的顯示。
4、直觀的序列編輯
輕松編輯DNA和蛋白質(zhì)序列。
標(biāo)準(zhǔn)編輯 · DNA結(jié)束
進(jìn)行插入,刪除,替換和大小寫(xiě)更改。復(fù)制并粘貼序列時(shí),會(huì)自動(dòng)傳輸功能。
5、序列顏色編碼
將選定的DNA或氨基酸序列設(shè)置為十種顏色之一。
給兩條DNA鏈或蛋白質(zhì)序列著色。顏色在Map和Sequence視圖中都可見(jiàn)。
6、特征注釋
自動(dòng)注釋常用功能,或手動(dòng)注釋新功能。
自動(dòng)特征檢測(cè) · 手動(dòng)特征注釋
使用SnapGene廣泛的數(shù)據(jù)庫(kù)查找DNA序列中的常見(jiàn)特征。您選擇的其他功能可以添加到自定義數(shù)據(jù)庫(kù)
二、模擬
1、限制性站點(diǎn)指標(biāo)
確認(rèn)限制性網(wǎng)站適合克隆。
獨(dú)特性 · 甲基化***性 · 特殊性質(zhì)
以粗體顯示獨(dú)特的限制性位點(diǎn),或選擇自動(dòng)定義的Unique Cutters或Unique 6+ Cutters酶組。
2、限制性克隆
可視化克隆過(guò)程的所有方面。
如果您已經(jīng)考慮過(guò)程,則模擬只需幾秒鐘。如果克隆過(guò)程存在設(shè)計(jì)缺陷,則可以捕獲并糾正錯(cuò)誤。
3、PCR
模擬標(biāo)準(zhǔn)PCR。
使用您自己的引物,或要求SnapGene自動(dòng)設(shè)計(jì)引物。產(chǎn)品文件在其歷史記錄中存儲(chǔ)模板和引物。
4、重疊延伸PCR
通過(guò)重疊延伸PCR融合片段。
最多可組裝八個(gè)片段。選擇要連接的片段及其方向,SnapGene將設(shè)計(jì)引物。
5、引物定向誘變
使用誘變引物進(jìn)行定點(diǎn)誘變。
選擇誘變引物,按下按鈕查看修飾的質(zhì)粒。歷史顏色突出了突變。
6、網(wǎng)關(guān)®克隆
模擬網(wǎng)關(guān)® BP克隆或lr克隆,或兩者在同一時(shí)間。
為方便起見(jiàn),提供了常見(jiàn)的供體向量和目的向量。選擇要組裝的片段,SnapGene將設(shè)計(jì)引物。
7、吉布森大會(huì)®
通過(guò)融合多達(dá)八個(gè)片段或通過(guò)將多達(dá)八個(gè)片段插入向量來(lái)模擬Gibson Assembly。Gibson Assembly是一種流行的無(wú)縫克隆方法。
選擇要融合的片段及其方向,SnapGene將設(shè)計(jì)引物。線(xiàn)性化的載體可以通過(guò)酶消化或反向PCR產(chǎn)生。
8、IN-FUSION ®克隆
通過(guò)在向量中插入最多八個(gè)片段來(lái)模擬Clontech的In-Fusion克隆。In-Fusion克隆是一種非常通用的方法,可用于創(chuàng)建無(wú)縫基因融合。
選擇要融合的片段及其方向,SnapGene將設(shè)計(jì)引物。線(xiàn)性化的載體可以通過(guò)酶消化或反向PCR產(chǎn)生。
9、TA和GC克隆
通過(guò)TA或GC克隆捕獲PCR產(chǎn)物。
選擇傳統(tǒng)的TA克隆或高效GC克隆。
為方便起見(jiàn),提供了常見(jiàn)的TA克隆載體和Lucigen的GC克隆載體。
10、退火Oligos
退火兩個(gè)寡核苷酸形成雙鏈產(chǎn)物。
使用簡(jiǎn)單的控件添加突出限制克隆。
三、避免錯(cuò)誤
1、閱讀基因融合的框架
確保構(gòu)造中的已轉(zhuǎn)換要素符合框架。
鏈接翻譯 · 警告信息使用“序列”視圖可以快速查看兩個(gè)已翻譯的要素是否在框架中。如果是這樣,翻譯鏈接在同一行。如果不是,則翻譯在單獨(dú)的行上。
2、與參考序列對(duì)齊
使用強(qiáng)大的對(duì)齊工具檢查實(shí)際構(gòu)造是否與模擬構(gòu)造匹配。
四、自動(dòng)錄制
1、全面的“撤銷(xiāo)”能力幾乎撤消任何操作。
不要害怕嘗試使用SnapGene文件 - 回溯您的步驟很容易。
2、歷史和嵌入式祖先
查看構(gòu)造的圖形歷史記錄。
單擊操作以突出顯示親本和產(chǎn)物序列的相關(guān)部分,或單擊PCR引物名稱(chēng)以查看引物序列。
單擊歷史記錄樹(shù)中的祖先以重新生成該祖先序列文件,包括其注釋和克隆歷史記錄。
3、歷史色彩
使用可選的歷史記錄顏色來(lái)標(biāo)識(shí)序列的最新更改。
詳細(xì)了解構(gòu)建體的組裝方式,包括結(jié)扎的粘性末端。
五、有你的數(shù)據(jù)
1、安全文件管理
將SnapGene文件保存在所需的位置。
使用熟悉的安全操作系統(tǒng)來(lái)存儲(chǔ)和整理SnapGene文件。
2、從其他格式導(dǎo)入
閱讀許多常見(jiàn)的文件格式。
不僅可以導(dǎo)入DNA序列,還可以導(dǎo)入注釋和注釋。我們將繼續(xù)開(kāi)發(fā)進(jìn)口商,以確保您不會(huì)被鎖定為專(zhuān)有文件格式
3、導(dǎo)出為標(biāo)準(zhǔn)格式
將序列,地圖或凝膠圖像轉(zhuǎn)換為標(biāo)準(zhǔn)格式,以便與其他軟件一起使用。
將序列導(dǎo)出為GenBank或FASTA格式。將地圖或模擬瓊脂糖凝膠導(dǎo)出為常見(jiàn)的圖像格式。
4、使用SnapGene Viewer共享數(shù)據(jù)
將SnapGene格式的文件發(fā)送給可以下載免費(fèi)SnapGene Viewer的同事或客戶(hù)。
只需將文件與鏈接一起發(fā)送到SnapGene Viewer即可。收件人將能夠看到地圖,序列和注釋?zhuān)拖裨谕暾腟napGene界面中一樣。
六、轉(zhuǎn)換文件格式
開(kāi)放式信息交換至關(guān)重要,因此SnapGene和SnapGene Viewer提供了讀取和導(dǎo)出常見(jiàn)文件格式的選項(xiàng)。
軟件特色
1、設(shè)計(jì)更好的程序
準(zhǔn)確設(shè)計(jì)和模擬克隆程序。測(cè)試復(fù)雜的項(xiàng)目,在錯(cuò)誤發(fā)生之前發(fā)現(xiàn)錯(cuò)誤,并在第一時(shí)間獲得正確的構(gòu)造。
2、可視化您的流程
當(dāng)您可以看到自己在做什么時(shí),克隆會(huì)更容易。直觀的界面為您提供無(wú)與倫比的工作可見(jiàn)性,簡(jiǎn)化通常復(fù)雜的任務(wù)。
3、自動(dòng)記錄您的工作
軟件自動(dòng)記錄文檔,因此您不必這樣做。查看并分享導(dǎo)致最終質(zhì)粒的每個(gè)序列編輯和克隆程序。
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